实验室拥有健全的管理办法和各项规章制度，能够有效支持实验室各项工作的开展，如科研项目、开放课题、人员及成果管理、年度考核、年度报告等。另外，实验室还制定有1000多份标准操作规程（SOP）文件，作为管理文件的补充，全面地规范实验室的运行管理工作。
（1）实验室人员管理
实验室注重培养和稳定一支高水平的技术队伍和一支相对稳定的高效管理队伍，采取多种优惠政策向国内外招聘优秀人才，充实各研究方向。实验室按照依托单位各项人事聘任制度和程序聘用固定人员和流动人员，同时又拥有相对独立的人事任免权限。实验室主任由依托单位公开招聘和聘任，副主任由主任提名，依托单位聘任，其他人员由实验室聘任，报经依托单位人事部门备案。
（2）仪器设备管理
仪器设备管理按照实验室仪器设备使用、维护管理相关SOP执行，各研究室设有专门人员负责仪器设备的日常管理，依托单位工程人员负责设备的维护。对于所有 10 万元以上的设备均分配到专人管理，负责设备的保养以及对使用人的培训等。每个大型设备均有独立的设备档案，记录设备的状态以及使用情况。确保设备的完好、共享和对外开放。
（3）财务管理
实验室经费来源包括依托单位拨款和各级各类科技计划（专项、基金）经费支持。经费主要用于实验室日常运行管理费用、实验室研发直接使用、与实验室任务直接相关的开放运行费、科研业务费、实验室建设及购置仪器设备费等。实验室经费实行单独核算，专款专用，经费按项目管理，执行预算制度。
