实验室实行依托单位领导下的实验室主任负责制，实行相对独立的人财物管理机制和“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。
实验室设有学术委员会，对实验室进行学术指导，主要职责是讨论和决定实验室研究方向，审议实验室的研究课题，协调重要学术交流活动，组织有关成果的评审等。实验室学术委员会成员19人，其中外部专家15人，内部专家4人。学术委员会一般每年召开1次全体会议。主要是审议实验室目标、研究方向、重大学术活动、年度工作计划和总结等。
实验室设主任1人，副主任2人。实验室主任全面负责实验室的业务与管理，副主任协助主任开展实验室运行和行政管理工作。实验室设有管理办公室，在重点实验室主任、副主任的领导下，开展实验室日常管理和学术活动组织等工作，管理办公室固定人员包括管理办公室主任1人，科研秘书、行政秘书各1人。
实验室内部实行主任领导下的研究室负责人管理制。实验室主任通过主任办公会议负责顶层设计和管理，即组织和协调全室的重大科研活动和项目规划、组织和管理各研究室，进行相应的资源配置；研究室负责人负责具体研究与基层管理，并参照依托单位的相关人事权限支配研究室配置的资源。
